Počas výrobného procesu imidazolu je potrebné vyčistiť niektoré odpadové vody predtým, ako môžu byť vypustené von. Proces čistenia odpadových vôd je nasledovný: po prvé, musí existovať nádrž na čistenie odpadových vôd. Odpadová voda sa vypúšťa do nádrže na čistenie odpadových vôd a po určitej dobe chemickej reakcie suroviny použité na výrobu imidazolu vo vnútri navzájom zreagujú a niektoré škodlivé látky po týchto reakciách zmiznú. Po určitej sedimentácii niektoré pevné látky vo vnútri klesnú na dno bazéna a tieto pevné látky môžeme vyčistiť, aby bola voda oveľa čistejšia. Ďalšia reakčná úprava vytvára čistú vodu obsahujúcu malé množstvo chemických látok, ktorá môže byť upravená tak, aby sa odstránili škodlivé látky. Oddelenie ochrany životného prostredia má teraz vysoké požiadavky na vodu vypúšťanú výrobcami imidazolov, takže každý výrobca musí zakúpiť kompletnú sadu zariadení na ochranu životného prostredia.